Cuando en 1941 la Gestapo llegó a arrestar al Padre Kentenich, él se preparaba para realizar un retiro con unos 150 sacerdotes, por lo que el oficial a cargo, para evitar un escándalo, sólo lo dejó citado. Seis días más tarde concurrió a la “cita”, sabiendo qué era lo que le esperaba: estuvo 4 semanas encerrado en una mazmorra, en la oscuridad y durmiendo en el suelo. Ese tiempo lo pasó alentando a los demás detenidos y orando, por lo que posteriormente afirmó “por fin tuve vacaciones. Durante muchos años pasé hablándole a los hombres de Dios, ahora tuve un buen tiempo para hablarle a Dios de los hombres”. Sin embargo su estadía en este y otros recintos de detención no le impidieron su contacto con la Familia, a quienes escribía constantemente.
Cuando finalmente se decidió su traslado al campo de concentración de Dachau, la Familia logró que el médico que evaluaba el estado de salud de los presos lo declarara “no apto” para un campo de concentración, siempre que el Padre lo pidiera. Pero él respondió “yo no haré nada para contrariar la voluntad de Dios. Si debo ir a Dachau, iré”. Fue así como el 20 de enero de 1942 es destinado al campo de concentración en el sur de Alemania, ante lo que él declaró “¡gustoso pago este precio de rescate y cualquier otro que Dios desee y exija, con tal que nuestra Familia sea santa y fecunda hasta el fin de los tiempos!”.
Schönstatt aparecía como un gran obstáculo para el nacionalsocialismo, una razón más para que el Padre Fundador tuviese que enfrentar experiencias límites de torturas, crueldad psicológica, hambre, frío y degradación, pensadas para quebrar a los prisioneros de Dachau, mas no lograron aquel efecto en él, sino que, al contrario, desarrolló como nunca su fuerza interior, su espiritualidad, su fecundidad y apostolado, tanto con quienes vivían con él como hacia afuera, a través de los muchos escritos que logró deslizar hacia el exterior. De aquel tiempo data “Hacia el Padre”, el principal texto espiritual schönstattiano, escrito en verso para despistar a la Gestapo. Además, en julio de 1942, aún en prisión, fundó el Instituto de los Hermanos de María y el Instituto de la Obra Familiar, mientras acompañaba presos católicos, comunistas, ateos y protestantes, que veían en él una figura de protección y esperanza. Logró la conversión de muchos no creyentes y con elementos mínimos celebraba Misa casi a diario.
Finalmente en 1945, sólo días después de que las tropas estadounidenses ocuparan Schönstatt, el Padre Kentenich es liberado el campo de concentración, aproximadamente un mes antes de que la guerra terminara para Alemania. Luego de esta experiencia el unión entre la Familia de Schönstatt y el Padre José se transformó en un vínculo indisoluble, como el de un verdadero padre con sus hijos.
En el plazo de un año y medio fundó el Instituto de Padres Diocesanos de Schönstatt y el de Nuestra Señora de Schönstatt. Además, la necesidad de llevar su mensaje a todo el mundo lo hizo viajar extraordinariamente entre 1947 y 1951. En este período se desplazó por toda Alemania, Brasil, Uruguay, Argentina y Chile, donde en 1949 bendice el Santuario de Bellavista. Posteriormente visitó parte África y enseguida viaja a Estados Unidos, para retornar a Sudamérica, siempre dedicado, no sólo a fundar nuevas comunidades para transmitir el mensaje de la Alianza de Amor con María, sino también manteniendo el contacto con todas las comunidades religiosas que encuentra para conocer sus realidades sociales, sus historias y problemas.
Pero los problemas no han quedado en el pasado: la jerarquía de la Iglesia Alemana no comprendía ni aceptaba el desarrollo del Movimiento, por lo que se decide llevar a cabo un estudio, desarrollado por el Obispo de Tréveris. En él, luego de entrevistarse con el Padre Fundador y miembros de la Familia, se emite un informe positivo, pero que deja constancia de algunos “detalles” que el Obispo consideraba debían mejorarse, los que el Padre Kentenich identifica como elementos esenciales de la estructura de Schönstatt, y vitales en la relación del Fundador con los miembros de la Familia.
El 31 de Mayo de 1949 el Padre envía una carta dirigida al Obispo de Tréveris desde Bellavista, en la que le indica que el pensar orgánico hace del hombre una unidad frente a Dios, es decir, no se puede dividir la vida cristiana en etapas mecánicamente separadas, donde en un lado se encuentra la relación con los hombres y en otro el amor a Dios. Agrega “vemos cómo el Occidente camina a la ruina y creemos que estamos llamados desde aquí a realizar un trabajo de salvataje, de construcción y de edificación”. Esta actitud no es aceptada y en 1951 el Santo Oficio ordena una Visitación Apostólica a cargo del sacerdote jesuita Sebastian Tromp, quien le propone que renuncie y se separe de su Obra.
Al rechazar tal opción, el Santo Oficio, sin acusación formal ni precisa en su contra, lo destituye de su cargo de Director General y Jefe del Movimiento y el 22 de Octubre de 1951 el Padre Kentenich, de 66 años de edad, es desterrado de Alemania y enviado a Milwaukee (EE.UU.). Él decide acatar absolutamente la orden y la obedece de inmediato, aunque en su corazón esté totalmente en contra de una medida tan injusta e inadecuada.